Badan Wakaf adalah lembaga tertinggi dalam organisasi Balai Pendidikan Pondok Darul Hijrah beranggotakan paling sedikit 9 orang dan paling banyak 15 orang, dengan jumlah yang selalu ganjil dan saat ini berjumlah 11 orang.  

Badan wakaf bertanggung jawab atas segala pelaksanaan perkembangan pendidikan dan pengajaran di Pondok Darul Hijrah (PDH). Sementara itu, untuk tugas dan kewajiban kesehariannya, amanat dijalankan oleh Pimpinan Pondok.

Pimpinan Pondok Darul Hijrah merupakan badan eksekutif yang dipilih dalam sidang setiap 5 tahun sekali. Dengan demikian Pimpinan Pondok adalah mandataris yang mendapatkan amanah untuk menjalankan keputusan-keputusan dan bertanggung jawab kepada Badan Wakaf Pondok Darul Hijrah.